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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Cerrados. |
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Data corrente: |
13/11/2008 |
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Data da última atualização: |
13/11/2008 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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Autoria: |
PIMENTA, C. B.; GODOY, C. V.; MIGUEL-WRUCK, D. S.; RAMOS JÚNIOR, E. U.; SIQUERI, F. V.; FEKSA, H. R.; SANTOS, I. dos; LOPES, I. O. N.; NUNES JÚNIOR, J.; IAMAMOTO, M. M.; ITO, M. A.; MEYER, M. C.; DIAS, M. D.; MARTINS, M. C.; ALMEIDA, N. S.; ANDRADE, N. S.; ANDRADE, P. J. M.; SOUZA, P. I. M.; BALARDIN, R. S.; BARROS, R.; SILVA, S. A. da; FURLAN, S. H.; GAVASSONI, W. L. |
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Afiliação: |
Cláudia B. Pimenta, Agenciarural; Cláudia V. Godoy, CNPSO; Dulândula S. Miguel-Wruck, Epamig; Edison U. Ramos Júnior, Apta Regional do Sudoeste Paulista; Fabiano V. Siqueri, Fundação Mato Grosso; Heraldo R. Feksa, Fundação Agrária de Pesquisa Agropecuária; Idalmir dos Santos, UTFPR; Ivani O. N. Lopes, CNPSO; José Nunes Júnior, CTPA; Marcos M. Iamamoto, MClamamoto Assessoria de Fitopatologia; Margarida A. Ito, IAC; Maurício C. Meyer, CNPSO; Moab D. Dias, UFT; Mônica C. Martins, Fundação de Apoio à Pesquisa e Desenvolvimento do Oeste Baiano; Nailton S. Almeida, Agência Estadual de Defesa Agropecuária da Bahia; Newton S. Andrade, Agência Estadual de Defesa Agropecuária da Bahia; Paulino J. M. Andrade, CNPSO; Plíno Itamar Mello Souza, CPAC; Ricardo S. Balardin, UFSM; Ricardo Barros, Fundação MS; Sergio Abud da Silva, CPAC; Silvania H. Furlan, Instituto Biológico; Walber L. Gavassoni, UFGD. |
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Título: |
Eficiência de fungicidas para controle da ferrugem asiática da soja, Phakopsora pachyrhizi, na safra 2006/07: resultados sumarizados dos ensaios em rede. |
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Ano de publicação: |
2007 |
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Fonte/Imprenta: |
In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE FERRUGEM ASIÁTICA DA SOJA, 1., 2007, Londrina. Anais... Londrina: Embrapa Soja, 2007. p. 87-105. |
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Série: |
(Embrapa Soja. Documentos, 281). |
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Idioma: |
Português |
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Thesagro: |
Doença Fúngica; Fungicida; Soja. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Cerrados (CPAC) |
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Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
18/11/2020 |
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Data da última atualização: |
18/11/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
PADILHA, L.; CAIXETA, E. T.; SILVA, F. R. da. |
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Afiliação: |
LILIAN PADILHA, CNPCa; EVELINE TEIXEIRA CAIXETA MOURA, CNPCa; FELIPE RODRIGUES DA SILVA, CNPTIA. |
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Título: |
Comparing methods of RNAseq analysis for species without a reference genome. |
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Ano de publicação: |
2012 |
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Fonte/Imprenta: |
In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTACIONAL BIOLOGY, 8., 2012, Campinas, São Paulo. Resumos... Campinas, SP, 2012. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
X-MEETING. |
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Conteúdo: |
New sequencing technologies brought deep probing of transcriptomes (so-called RNAseq) to the reach of individual researches. Analysis of RNAseq sequences, however, depend on the alignment of reads to a reference genome. Some approaches have been proposed to allow de novo assembly of the transcripts, therefore allowing RNAseq to be used on organisms lacking a reference genome. The efficiency of those approaches, however, were tested only with diploid species. Here we propose a methodology to evaluate the results of de novo assembly of allotetraploid Coffea arabica RNAseq reads obtained from libraries of coffee leaves infected by Hemileia vastatrix. Trinity was able to assemble longer transcripts when compared to ABySS, SOAPdenovo and Oases. Moreover, the transcripts assembled by Trinity where more similar to the ones obtained using Cufflinks after aligning the RNAseq to 10 Coffea sp. publically available BAC sequences. Comparison of the most abundant transcripts with several Coffea sp. single copy described genes, though, shows that all assemblers failed to perfectly reconstruct the transcripts. |
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Thesagro: |
Coffea Arábica; Genoma. |
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Thesaurus NAL: |
Transcriptome. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/217932/1/2012-Resumo-Xmeeting.pdf
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Marc: |
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260 $aIn: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTACIONAL BIOLOGY, 8., 2012, Campinas, São Paulo. Resumos... Campinas, SP$c2012
500 $aX-MEETING.
520 $aNew sequencing technologies brought deep probing of transcriptomes (so-called RNAseq) to the reach of individual researches. Analysis of RNAseq sequences, however, depend on the alignment of reads to a reference genome. Some approaches have been proposed to allow de novo assembly of the transcripts, therefore allowing RNAseq to be used on organisms lacking a reference genome. The efficiency of those approaches, however, were tested only with diploid species. Here we propose a methodology to evaluate the results of de novo assembly of allotetraploid Coffea arabica RNAseq reads obtained from libraries of coffee leaves infected by Hemileia vastatrix. Trinity was able to assemble longer transcripts when compared to ABySS, SOAPdenovo and Oases. Moreover, the transcripts assembled by Trinity where more similar to the ones obtained using Cufflinks after aligning the RNAseq to 10 Coffea sp. publically available BAC sequences. Comparison of the most abundant transcripts with several Coffea sp. single copy described genes, though, shows that all assemblers failed to perfectly reconstruct the transcripts.
650 $aTranscriptome
650 $aCoffea Arábica
650 $aGenoma
700 1 $aCAIXETA, E. T.
700 1 $aSILVA, F. R. da
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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